Родился 8 августа 1984 г. в г. Мезень Архангельской области. В 2001 году закончил Мезенскую среднюю школу и поступил на 1-й курс физического факультета ПГУ. По окончании учёбы на физфаке в 2006 г. поступил в аспирантуру ПГУ по специальности 01.04.04 — «Физическая электроника».

22 февраля 2010 г. в Архангельске защитил диссертацию по теме «Торможение и потери энергии при столкновениях тяжёлых структурных ионов с молекулами» на соискание учёной степени кандидата физико-математических наук.

Д.Н. Макаров в 2008 году успешно выступил на всероссийской конференции ВНКСФ-14 в городе Уфе и получил диплом за доклад о теории ионизации водородоподобного иона при столкновении с двухатомной молекулой.